其一是将所有违法收入作为违法所得。刑法第六十四条规定“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔”，根据该条规定，被告人基于实施违法行为直接、间接产生、获得的任何财产，均属于违法所得，此时不考虑被告人的生产、销售成本；法释[2016]29号《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》第十七条规定“本解释所称的‘违法所得’，是指实施刑法第三百八十三条、第三百三十九条贵的行为所得和可得的全部违法收入”，也是将所有收入作为违法所得；此外，《办理非法集资刑事案件适用法律若干问题的意见》第五条、法释[2017]1号《关于适用犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序若干问题的规定》第六条也采用相同的表述。

其二是将违法获利数额作为违法所得。最高院在法复[1995]33号《关于生产、销售伪劣产品刑事案件如何认定“违法所得数额”的批复》答复“违法所得数额”，是指生产、销售伪劣产品获利的数额；在法释[1998]30号《关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十七条、法释[2012]6号《关于审理内幕交易、泄露内幕信息刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十条也是采用相同的表述。

而根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（三）》第五条的规定，在侵犯商业秘密案件中，被告人违法所得数额，可以根据因被告人披露或者允许他人使用商业秘密而获得的财物或者其他财产性利益认定，此处获得的财物或者其他财产性利益，应按照获利数额来认定。

在侵犯商业秘密案件中，被告人实施的违法行为，通常是指对商业秘密信息的使用或者披露，而在具体的使用商业秘密信息过程中，除了商业秘密信息本身之外，行为人往往还需要利用到其他合法的物质条件或者技术，此时的违法行为本身还附和了其他合法的因素，也进一步使得被告人因违法行为所获得的利益，也同时包含了违法行为的收益，和其他合法因素的贡献。在这种情形下，则应当基于商业秘密价值本身的价值贡献，从行为人的整体获利中排除掉合法因素的贡献。

正如江苏省高院、江苏省检察院、江苏省公安厅苏高法[2017]275号《关于知识产权刑事案件适用法律若干问题的讨论纪要》的观点，基于涉案产品除包含权利人技术秘密外，还涉及其他关键性技术，计算损失数额时，应当考虑技术秘密在整个产品中所起的作用，不宜将依据整个产品利润计算出的数额全部视为权利人损失。在认定被告人的违法所得的时，也应当考虑商业秘密本身的价值，对整个获利结果所起到的作用，而不宜简单的讲全部获利认定为违法所得。